En un mundo lleno de prejuicios han nacido niños que poseen extraordinarios y peligrosos poderes como resultado de una mutación genética única. Los ojos de Cyclops lanzan descargas de energía. Storm puede manipular el clima a su voluntad. Rogue es capaz de absorber la fuerza vital de cualquiera que ella toque. Pero bajo la tutela del profesor Xavier (Patrick Stewart) éstos y otros personajes aprenden a enfocar sus poderes hacia el bienestar de la humanidad. Ahora deben proteger a quienes les temen, ya que el infame Magneto (Ian McKellen), convencido de que humanos y mutantes nunca podrán coexistir, revela un siniestro plan para cambiar el futuro.